Стартирайте .sql файл от приложение в C#, като използвате SMO библиотека

Изглежда, че се опитвате да заредите .net 2 версия на Microsoft.SqlServer.xxxx.dll. Актуализирайте препратките си към версия .net4 (за предпочитане) или добавете следната мантра към вашия app.config под <configuration> възел

<startup useLegacyV2RuntimeActivationPolicy="true">
  <supportedRuntime version="v4.0" sku=".NETFramework,Version=v4.5"/>
  <requiredRuntime version="v4.0" />
</startup>

за да позволи зареждане на .net 2 сборки. Вижте тук за подробности .