Имах абсолютно същия проблем. Както забелязах, проблемът се появи след сливането на .edmx файлове с Subversion. Разглеждайки .edmx файл в текстов редактор, намерих един дублиран запис EntitySetMapping. След ръчно изтриване на дубликата проблемът беше решен! Надяваме се това да помогне