Entity Framework Database.SetInitializer просто не работи

Базата данни ще бъде създадена само когато действително използвате контекста.

Ако сте заменили метода Seed във вашия инициализатор, както следва:

protected override void Seed(MyContext context){...}

Началният код ще се изпълнява само когато използвате екземпляр на MyContext.

Ето защо работи, когато използвате

var ctx = new MyContext();
ctx.Database.Initialize(true);

Винаги можете да го принудите да създаде, като използвате вашия контекст в метода Application_Start() в Global.asax.cs като:

        System.Data.Entity.Database.SetInitializer(new MyInitializer());

        MyContext db = new MyContext();
        db.Database.Initialize(true);
        //or even something like db.Users.Count();

Или ще бъде създаден по-късно, когато използвате вашия контекст. Може да изглежда, че е спряло да работи, защото сте премахнали някакъв код, който ще използва контекста при стартиране на приложението.