Entity Framework 6 GUID като първичен ключ:Не може да се вмъкне стойността NULL в колона „Id“, колоната „FileStore“ на таблицата не позволява нули

В допълнение към добавянето на тези атрибути към вашата колона Id:

[Key]
[DatabaseGenerated(DatabaseGeneratedOption.Identity)]
public Guid Id { get; set; }

във вашата миграция трябва да промените своя CreateTable за да добавите defaultValueSQL свойство към вашата колона, т.е.:

Id = c.Guid(nullable: false, identity: true, defaultValueSql: "newsequentialid()"),

Това ще ви попречи да докосвате ръчно вашата база данни, което, както посочихте в коментарите, е нещо, което искате да избегнете с Code First.