В миналото ми е възниквал подобен проблем, така че нямам търпение да видя решение на този въпрос. Коментарът на Aaron Bertrand за OP доведе до Времето за изчакване на заявката изтича, когато се изпълнява от мрежата, но супер бързо, когато се изпълнява от SSMS и въпреки че въпросът не е дубликат, отговорът може много да се отнася за вашата ситуация.
По същество изглежда, че SQL Server може да има повреден кеширан план за изпълнение. Вие изпълнявате лошия план с вашия уеб сървър, но SSMS се приземява на различен план, тъй като има различна настройка на флага ARITHABORT (която иначе няма да окаже влияние върху вашата конкретна заявка/съхранена процедура).
Вижте ADO.NET извикването на T-SQL съхранена процедура причинява SqlTimeoutException за друг пример, с по-пълно обяснение и решение.