Използвайте Изчаквания и опашки методология за изследване на пречките в производителността. Ще откриете основната причина и тогава ние можем да ви посъветваме съответно. Най-вероятно вашето C# приложение работи в паралелност поради блокировки, много вероятно задържани от самото приложение. Обикновено човек обвинява промените в плана поради подслушване на параметри, както в Бавно в приложението, бързо в SSMS , но с DDL изрази това е малко вероятно.