Прав сте, объркващо е, че SQL Server ви позволява да създавате дублиращи се индекси на едно и също поле(а). Но фактът, че можете да създадете друг, не означава, че PK индексът вече не съществува.
Допълнителният индекс не е от полза, но единствената вреда (много малка) е допълнителният размер на файла и допълнителните разходи за създаване на ред.