Имах същия проблем, но най-накрая разбрах, че инсталирането на ODBC пакета директно от Microsoft може да го реши. Изпълнете следния код като единична група в съвместна работа.
%%sh
curl https://packages.microsoft.com/keys/microsoft.asc | apt-key add -
curl https://packages.microsoft.com/config/ubuntu/16.04/prod.list > /etc/apt/sources.list.d/mssql-release.list
sudo apt-get update
sudo ACCEPT_EULA=Y apt-get -q -y install msodbcsql17