Мисля, че проблемът с дубликатите не е свързан с обединяването на двете бази данни, а по-скоро във вашето съединяване на първо място. Мисля, че може да се нуждаете от INNER или OUTER съединение, за да се справите със свързването. Що се отнася до получаването на данни от две различни бази данни, синтаксисът е доста прост. Просто добавяте името на сървъра точка името на базата данни точка името на собственика точката името на таблицата.
Например:
SELECT firstdb.*, seconddb.*
FROM Server1.Database1.dbo.myTable AS firstdb
INNER JOIN Server2.Database2.dbo.myTable AS seconddb
ON firstdb.id = seconddb.id
Във вашия пример звучи така, сякаш връзката работи, но имате проблем с присъединяването в полето repair_ord. Въпреки че не знам вашата схема, бих предположил, че тази връзка трябва да бъде INNER JOIN. Ако просто добавите и двете таблици в оператора FROM и не направите вашия оператор WHERE правилно, ще изпаднете в проблеми, каквито описвате.
Бих предложил да опростите тази настройка и да я поставите в тестова среда (на една DB). Опитайте съединяването на четири маси, докато не го направите правилно. След това добавете сложността на извикванията на множество бази данни.