След като намерих регистъра на грешките на Windows Server, реших грешката сам.
Получих тази грешка в дневника си:
[21-Apr-2017 07:12:14 UTC] PHP Warning: PHP Startup: Unable to load dynamic library '...\ext\php_pdo_sqlsrv_7_nts.dll' - %1 is not a valid Win32 application. in Unknown on line 0
След това изтеглих отново драйвера и инсталира x64-драйвера. Най-накрая работи без никакви проблеми.