Това е функция с таблично значение, но вие я използвате като скаларна функция.
Опитайте:
where Emp_Id IN (SELECT i.items FROM dbo.Splitfn(@Id,',') AS i)
Но... също така помислете за промяна на функцията си във вграден TVF, тъй като тя ще работи по-добре.