Имах подобен проблем и пробвах всички настройки, които можах да намеря в мрежата - напразно.
В моя случай проблемът беше в конфигурацията на самата FreeTDS. В Linux файлът е /etc/freetds/freetds.conf
Трябваше да сменя версията на 7.0 (може би и други номера работят. Току-що опитах 7.0)
[global]
# TDS protocol version
tds version = 7.0
След това драйверът изглежда приемаше промените в набора от символи.
ini_set('mssql.charset', 'UTF-8');
Между другото:промяната е в сила незабавно, няма нужда да рестартирате нищо след това