Базите данни на SQL Server използват два файла - MDF файл, известен като първичен файл на базата данни, който съдържа схемата и данните, и LDF файл, който съдържа регистрационните файлове. Вижте уикипедия. Базата данни може също да използва вторичен файл на база данни, който обикновено използва разширение .ndf.
Както Джон С. посочва, тези разширения на файлове са чисто конвенционални - можете да използвате каквото искате, въпреки че не се сещам за основателна причина да го направите.
Повече информация за MSDN тук и в Начало на администриране на SQL Server 2005 (Google Книги) тук.