Продължителните заявки са знак за лош дизайн. Най-добре е да проверите въпросните заявки и как могат да бъдат оптимизирани. Това би било просто игнориране на проблема.
Ако все още искате това, можете да използвате командата SHOW PROCESSESLIST, за да получите всички работещи процеси. И след това използвайте KILL x, за да прекратите клиентска връзка. Но за да работи това, трябва да проверите това от друг PHP скрипт, тъй като многопоточността все още не е възможна. Също така не е препоръчително да давате на потребителите, използвани от PHP безвъзмездни средства, да се забъркват с настройките на сървъра.