Влизате в HeidiSQL като root , така че ви показва всички бази данни, но вие влизате в mysql.exe като текущия потребител на Windows (тъй като това е по подразбиране), така че ви показва само базите данни, които този потребител може да види. Ако стартирате mysql.exe с --user=root --password=... , ще ви покаже всички бази данни.
