Hibernate използва примитивно групиране на връзки механизъм , което не е подходящо за производствени цели (дори го пише в лог файла!). Трябва винаги използвайте механизъм за групиране на връзки, независимо дали е този, предоставен от вашия контейнер, било то механизъм, включен във вашето приложение (c3p0, например). Изключението, което виждате, е, че MySQL затвори "стара" връзка, която Hibernate все още използва. Можете да опитате да добавите JDBC URL опция, като „autoReconnect“, но това наистина не е дългосрочно решение.
В идеалния случай трябва да конфигурирате контейнера си да предоставя връзките към приложението ви чрез JNDI. Това се прави лесно с файл "-ds.xml" в JBoss или с context.xml за Tomcat.