Виждам, че използвате phpmyadmin, той също е скриптиран, за да връща стойностите. Това може да е бавно от скоростта на вашия скрипт, която определено е малка. Обмисляли ли сте да стартирате mysql заявките от командния ред? Това може да ви даде ясна разлика.