това, което бих направил, е да ги разделя
data :
{
sort1:$('#sortable1').sortable('serialize'),
sort2:$('#sortable2').sortable('serialize')
}
тогава, когато публикувате, можете да получите заявката и да ги зададете според нуждите, надявам се, че има смисъл
така че това, което правя, е това
parse_str($_REQUEST['sort1'],$sort1);
foreach($sort1 as $key=>$value){
//do sutff;
}