Изберете редове с множество етикети... има ли по-добър начин?

Няма нужда да правите множество присъединявания. Ако трябва да съпоставите всички тагове, можете да използвате IN клауза с подзаявка като тази:

select p.sku, p.name, p.path 
from shop_products p
where p.sku in (
    select pc.product_sku 
    from shop_products_categories pc 
    inner join shop_categories c on pc.category_id = c.id
    where c.path in ('flowers', 'romance')
    group by pc.product_sku
    having count(distinct c.path) = 2
)

Имайте предвид, че ще трябва да коригирате числото 2, за да бъде броят на уникалните тагове, с които съвпадате. Внимавайте в случай, че това са въведени от потребителя данни и те въвеждат един и същ етикет два пъти.