Обвързването не е нула в PDO?

Не можете да свържете "NOT NULL". Можете да обвързвате само стойности . „IS NOT NULL“ не е стойност, това е напълно различен синтаксис на заявката. Просто ще трябва динамично да изградите вашата заявка, обвързването на стойност не може да ви помогне с това:

$query = 'SELECT ... WHERE ';
if (/* condition is NOT NULL */) {
    $query .= 'foo IS NOT NULL';
    $stmt = $db->prepare($query);
} else {
    $query .= 'foo = :foo';
    $stmt = $db->prepare($query);
    $stmt->bindValue('foo', $foo);
}
$stmt->execute();