Вероятно лош индекс, пълно сканиране на таблица

Ако изпълня това, което направихте по-горе, получавам

EXPLAIN select * from  stats_clicked s 
join visitor v on s.visitor_id=v.id 
+----+-------------+-------+------+---------------+--------+---------+--------------------+------+-------------+
| id | select_type | table | type | possible_keys | key    | key_len | ref                | rows | Extra       |
+----+-------------+-------+------+---------------+--------+---------+--------------------+------+-------------+
|  1 | SIMPLE      | v     | ALL  | PRIMARY       | NULL   | NULL    | NULL               |   15 | NULL        |
|  1 | SIMPLE      | s     | ref  | index3,index1 | index3 | 4       | so_gibberish2.v.id |    1 | Using index |
+----+-------------+-------+------+---------------+--------+---------+--------------------+------+-------------+

Ако обаче съкратя, направете следното зареждане на много данни (завършвайки с над 100K реда):

truncate table visitor;

insert into visitor (`visited_time`) values
(1467122944),(1467122944),(1467122944),
(1467122944),(1467122944),(1467122944),
(1467122944),(1467122944),(1467122944),
(1467122944),(1467122944),(1467122944),
(1467122944),(1467122944),(1467122944);

insert into visitor (`visited_time`) values
(1467122945),(1467122945),(1467122945),
(1467122945),(1467122945),(1467122945),
(1467122945),(1467122945),(1467122945),
(1467122945),(1467122945),(1467122945),
(1467122945),(1467122945),(1467122945),


insert into visitor (`visited_time`) values
(1467122946),(1467122946),(1467122946),
(1467122946),(1467122946),(1467122946),
(1467122946),(1467122946),(1467122946),
(1467122946),(1467122946),(1467122946),
(1467122946),(1467122946),(1467122946),
(1467122946),(1467122946),(1467122946),
(1467122946),(1467122946),(1467122946),
(1467122946),(1467122946),(1467122946),
(1467122946),(1467122946),(1467122946),
(1467122946),(1467122946),(1467122946),
(1467122946),(1467122946),(1467122946),
(1467122946),(1467122946),(1467122946);

insert visitor(`visited_time`) select `visited_time` from visitor;
insert visitor(`visited_time`) select `visited_time` from visitor;
insert visitor(`visited_time`) select `visited_time` from visitor;
insert visitor(`visited_time`) select `visited_time` from visitor;
insert visitor(`visited_time`) select `visited_time` from visitor;
insert visitor(`visited_time`) select `visited_time` from visitor;
insert visitor(`visited_time`) select `visited_time` from visitor;
insert visitor(`visited_time`) select `visited_time` from visitor;
insert visitor(`visited_time`) select `visited_time` from visitor;
insert visitor(`visited_time`) select `visited_time` from visitor;
insert visitor(`visited_time`) select `visited_time` from visitor;

select count(*) from visitor;
-- 104448 rows

Това води до НЕ сканиране на таблица:

EXPLAIN select * from  stats_clicked s 
join visitor v on s.visitor_id=v.id; 

+----+-------------+-------+--------+---------------+---------+---------+----------------------------+------+-------------+
| id | select_type | table | type   | possible_keys | key     | key_len | ref                        | rows | Extra       |
+----+-------------+-------+--------+---------------+---------+---------+----------------------------+------+-------------+
|  1 | SIMPLE      | s     | index  | index3,index1 | index3  | 9       | NULL                       |   22 | Using index |
|  1 | SIMPLE      | v     | eq_ref | PRIMARY       | PRIMARY | 4       | so_gibberish2.s.visitor_id |    1 | NULL        |
+----+-------------+-------+--------+---------------+---------+---------+----------------------------+------+-------------+

Причината е посочена в страницата с ръководство Как MySQL използва индекси :

Причината е изброена по-горе. В примера на вашия въпрос сте имали твърде малко редове, за да си струва използването на индекса. Така че db машината избра своя уж (и вероятно) по-бърз начин да не използва индекса на вашата малка таблица.