Имах същия проблем, въпреки че не забелязах никакви грешки или проблеми, получих тези предупреждения. Изглеждаха безобидни.
Използвам MariaDB Ver 15.1 Distrib 10.3.22-MariaDB за debian и вашата команда поправи проблема перфектно:
mysql_upgrade -u root -h localhost -p --verbose --force