MySQL няма да ви позволи да промените индексирането на колона за автоматично индексиране, след като е създадена. Това, което правя, е да изтрия колоната за автоматично индексиране и след това да добавя нова със същото име, mysql ще индексира новогенерираната колона без пропуски. Правете това само в таблици, където автоматичното индексиране не е подходящо за останалите данни, а се използва само като справка за актуализации и изтривания.
Например наскоро направих точно това за таблица, съдържаща поговорки, където колоната за автоматично индексиране беше използвана само когато актуализирах или изтрих поговорка, но имах нужда автоматичното индексиране да бъде последователно, тъй като поговорките се извличат чрез произволно число между 1 и броят на поговорките, наличието на пропуски в последователността може да доведе до произволното число, сочещо към несъществуващ индекс.
HTH