Сравнете MySQL с CSV и открийте разликите

Един начин да го направите:

(Ако приемем, че вече знаете как да отворите файл и да изпълните заявка.)

Първо прочетете редове от вашия CSV и приемете, че данните липсват в SQL.

while (($row = fgetcsv($file)) !== FALSE) {
    $num = $row[0];  // or whatever CSV column the value you want is in
    $result[$num] = ['csv' => $num, 'sql' => '', 'status' => 'MISSING IN SQL'];
}

След това извлечете редове от вашата заявка и съответно попълнете масива, който сте създали от CSV.

while ($row = $stmt->fetch(PDO::FETCH_ASSOC)) {
    $num = $row['EAN']; // or whatever your column is named
    if (isset($result[$num])) {
        // This has a value from the CSV, so update the array
        $result[$num]['sql'] = $num;
        $result[$num]['status'] = 'OK';
    } else {
        // This doesn't have a value from the CSV, so insert a new row
        $result[$num] = ['csv' => '', 'sql' => $num, 'status' => 'MISSING IN CSV'];
    }
}

Можете да промените реда на това и първо да обработите резултатите от заявката. И двата реда ще работят, стига да изпълнявате логиката за актуализиране/вмъкване с втория източник на данни.

Можете да ksort($result); ако искате обединените стойности да са в ред, изведете $result въпреки това трябва.