Предполагам, че конфигурацията е за потребител. Първо бих ви предложил да напишете клас обвивка, който ще има достъп до конфигурацията. По този начин можете да промените ядрото на конфигурацията само в един клас, а не в целия код.
class configuration {
public function get_user_configuration() {
// return users configuration
}
}
Мисля, че би било по-лесно да съхранявате конфигурация в база данни. Защото тогава конфигурацията вероятно ще се архивира ежедневно и може лесно да бъде експортирана.
Кеширането на тази конфигурация е добра идея. Най-лесният начин би бил да го кеширате в сесия. Можете също да опитате memcache или APC.