EntityManager не е предназначен да се използва от множество нишки. Трябва да получите отделни копия на EntityManager за всяка нишка.
Всъщност, ако използвате EJB или Spring, можете да използвате EntityManager с обхват на транзакция , който може да се използва от множество нишки (това е прокси, което делегира действителната работа на отделни обвързани с нишки екземпляри на EntityManager ), но мисля, че това не е вашият случай.