Трябва да се присъедините с product_filters
отделно за всеки атрибут:
SELECT DISTINCT products.*
FROM products
JOIN product_filters AS f1 ON f1.product_id=products.id
JOIN product_filters AS f2 ON f2.product_id=products.id
WHERE ( f1.attribute_id=1 and f1.filter_id in (1,2) )
AND ( f2.attribute_id=3 and f2.filter_id in (6) )
Вашата версия се опита да намери един ред в product_filters
който има и двата идентификатора на атрибут, което не е възможно.