Трябва да се покаже МАКСИМАЛЕН БРОЙ от общия брой клиенти чрез сравняване на две таблици

Точно както избирате COUNT(Customer_Nbr) в 1-вата подзаявка, изберете го и във 2-рата подзаявка:

SELECT Entity_Name, 
       COUNT(Customer_Nbr) AS `Total Customer`,
       SUM(CASE WHEN Payment_Mode = 'Online Payment' THEN Amount ELSE 0 END) AS `Online Payment`,
       SUM(CASE WHEN Payment_Mode = 'Cash' THEN Amount ELSE 0 END) AS `Cash Payment`,
       SUM(Amount) AS `Total Payment`
FROM mq_paymentlist
GROUP BY Entity_Name

и в основната заявка използвайте GREATEST() за да изберете максималната стойност:

SELECT b.Entity_Name, 
       GREATEST(b.`Total Customer`, p.`Total Customer`) AS `Total Customer`
.........................