И така, какъв е най-добрият начин да проверите дали ред съществува? СЪЩЕСТВУВА, БРОЙ или num_rows?

Опция 3 е най-бързият начин да проверите дали ред съществува, ако използвате MySQL:

$query = mysql_query("SELECT EXISTS(SELECT 1 FROM users WHERE id = 1)")

if (mysql_result($query, 0) == 1)
    // one user, like it should be.

else 
  // do something else