В случай, че някой друг се натъкне на същия проблем и за да му спестите 2 часа ровене в PHP източника, PDO MySQL IPv6 връзките работят, ако поставите квадратни скоби около адреса.
Вижте:https://github.com /php/php-src/blob/master/main/streams/xp_socket.c#L568
напр.
$pdo = new PDO("mysql:host=[1234:5678::42];port=3306;dbname=foo", ...);