Ръководството за MySQL посочва, че тук няма ограничение за броя на базите данни:максимален брой бази данни в MySQL
Въпреки това, тъй като всяка база данни изисква създаването на една директория във файловата система и файловата система може да има ограничение за броя на директориите в една папка, съществува ефективно ограничение.
Проверете документацията на вашата файлова система за максималния брой директории, които позволява (NTFS ~ 4 милиарда, ext3 ~ 32 000, ext4 ~ неограничено и т.н.)