Можете ли да се доверите на mysql_insert_id?

Да, можете.

Функцията е за сесия, но също така е валидна само за последната заявка.

Това означава, че никога няма да имате един потребител, който "замърсява" last_insert_id на друг, но не можете да възстановите insert_id от преди две вмъквания. Когато трябва да направите няколко вмъквания подред и нямате нужда от идентификаторите до по-късно, задайте ги като променливи:

INSERT INTO ...
SET @foo_id = LAST_INSERT_ID();
INSERT INTO ...
SET @bar_id = LAST_INSERT_ID();
INSERT INTO some_join_table VALUES (@foo_id, @bar_id);