Така че в крайна сметка използвах fputcsv, за да поставя данните, които промених, в нов CSV файл, след което използвах командата LOAD DATA INFILE, за да поставя данните от новия csv файл в таблицата. Това го промени от изтичане на 120 секунди за 1000 влизания до отнемане на около 10 секунди за извършване на 10 000 влизания. Благодаря на всички, които отговориха.
