Не изглежда, че mysqlimport може да чете от STDIN, но може би можете да експериментирате с наименуван канал . Нещо подобно (непроверено)
mkfifo bigfile
mysqlimport -uuser -ppassword Database bigfile &
cat genome | nawk > bigfile
Или можете да използвате разширение за баш за изпълнение на команди вместо файлове
mysqlimport -uuser -ppassword Database <(cat genome | nawk)