Увеличете своя wait_timeout и net_read_timeout до нещо по-голямо от 180 сек (3 минути), като 3600 сек, ако има някои заявки, които отнемат повече време, или ако получавате набори от резултати, които са наистина големи. Може също да искате да увеличите max_allowed_packet до нещо по-голямо от 256 милиона, ако вашите набори от резултати са наистина големи.