session_start() и всяко друго манипулиране на сесията (създаване на идентификатор на сесия, преместване на папката на сесията) трябва да се направи, преди да бъде изпратен изход към браузъра. Опитайте да го поставите като първите редове на индекса/главния файл и се уверете, че НЕ е в друг файл.
