MySQL изберете с подзаявка и LIMIT

Когато използвате WHERE условие в таблицата от дясната страна на LEFT JOIN (Външно съединяване), то на практика се превръща във INNER JOIN , защото WHERE клаузата трябва да отговаря на условията. Ето защо получавате само случаи, когато c.active = 1 .

Трябва да преместите WHERE условие за LEFT JOIN .. ON .. AND .. състояние:

SELECT
   p.id, c.id as category_id 
FROM
   (SELECT id FROM products p WHERE p.id > 6319055 ORDER BY id LIMIT 1000) prods 
LEFT JOIN 
   products p ON p.id = prods.id 
LEFT JOIN 
   categories c ON c.id = p.category_id 
                   AND c.active = 1