Звучи сякаш искате да накарате една от базите данни да действа като подчинена на другата, по този начин всички актуализации на главната ще бъдат автоматично разпространени към подчинената. Документацията на MySQL има доста подробности за това.
Ако искате да можете да правите актуализации на една от двете бази данни и да ги репликирате в другата, мисля, че също е възможно да конфигурирате MySQL да използва репликация с множество главни.