Проблемът беше множество процеси (нишки), изпълнявани за mysql. Резултатът от pgrep
във въпроса ме накара да използвам kill -15 -1
.
Това убива всички активни процеси за приложения. След това трябваше да рестартирам mysql и apache и актуализирах стойността.