След известно проучване тук в SO стигнах до това решение. Опитайте да добавите
->from('YourEntityNameForP', 'p')
->from('YourEntityNameForShop', 'shop')
за createQueryBuilder
Тъй като не съм запознат нито със Symfony 2, нито с Doctrine 2 и просто се опитвам да помогна!