Копирайте данни от една таблица в друга със специфични условия

Вашият LEFT JOIN с условието consignment.id >id1 почти създава катезиански продукт. Това, което вероятно искате, е да вмъкнете само редове с по-висок id от таблицата източник от най-високия id1 в таблицата на местоназначението. Трябва да използвате SELECT MAX(id) подзаявка вместо това:

SELECT [..]
FROM  `eamglo5_singaporelive`.`consignment` 
WHERE `eamglo5_singaporelive`.`consignment`.`processed`=1 
  and `eamglo5_singaporelive`.`consignment`.date_booked>'2018-07-17'
  and `eamglo5_singaporelive`.`consignment`.id > (
     SELECT MAX(id1) FROM eamglo5_billingsystem.`consignment`
  )