Прав си, не можеш да извикаш псевдонима си в клаузите WHERE или HAVING, но освен това не съм сигурен какво имаш предвид; GROUP BY и HAVING са предназначени да се използват заедно:
SELECT a.ID, sum(b.Qty*b.Price) AS Subtotal
FROM tbl_One AS a
LEFT JOIN tbl_Two AS b ON b.TwoID = a.ID
GROUP BY a.ID
HAVING sum(b.Qty*b.Price) > 100 AND sum(b.Qty*b.Price) < 200