Имах точно същия проблем, за който съобщихте. Моята ODBC връзка използваше MySQL ODBC 5.3 Unicode драйвер (/usr/local/lib/libmyodbc5w.so) Въпреки че можех да се свържа с iSQL, действителните SQL команди връщаха боклук.
Опитах се да променя моя odbc.ini, за да използва вместо това ANSI драйвера (/usr/local/lib/libmyodbc5a.so). Работи и сега RODBC може да се свърже с моята MySQL база данни.