Премахнете дубликати на MySQL JOIN заявка на JSON_ARRAYAGG с INNER JOIN

Това отговаря на първоначалния въпрос.

Не са ви необходими нито tags нито users таблица за вашата заявка, така че тя може да бъде много опростена.

DISTINCT не е разрешено с JSON_AGG() . Но можете да използвате подзаявка:

 SELECT b.user_id, JSON_ARRAYAGG( b.tag_id) AS tags
 FROM (SELECT DISTINCT b.user_id, bt.tag_id
       FROM bookmark_tag bt JOIN
            bookmark b 
            ON b.id = bt.bookmark_id
      ) b
 GROUP BY b.user_id;

Тук е db<>цигулка.