заменете този раздел:
$result=array();
while($row=mysqli_fetch_array($res)){
array_push($result,array('id'=>$row[0],'timeIn'=>$row[1],'timeOut'=>$row[2]));
}
echo (json_encode(array("result"=>$result)));
с:
echo json_encode($res);
създавате много масиви, когато правите push in while цикъл, вкарвате масив в $result array, след това, когато echo, поставяте всички резултати в друг масив. и това е по-сложно.