Spatialite/mysql поддържа ли 3D точка?

Да, Spatialite поддържа 3D геометрии (всъщност 2.5D геометрии).

Защо не работи за вас, вероятно колоната ви с геометрия не е дефинирана като XYZ . Можете да проверите геометричните метаданни със заявката:

SELECT * FROM geometry_columns;