Опитайте да замените подзаявката с присъединяване:
SELECT *
FROM files f
LEFT OUTER JOIN reades r on r.file_id = f.file_id
WHERE r.file_id IS NULL
Ето връзка към статия за този проблем . Авторът на тази статия е написал съхранена процедура, за да принуди MySQL да оценява подзаявките като независими. Съмнявам се обаче, че това е необходимо в този случай.