Това е просто въпрос на актуализиране на съответната колона.
В зависимост от ... хъм ... настроението ви (?) можете да опитате:
update tbl set datetime_column = substr(datetime_column, 1, 16);
Или
update tbl set datetime_column = date_format(datetime_column, '%Y-%m-%d %H:%i:00');
Или
update tbl set datetime_column = datetime_column - second(datetime_column);