Това е традиционно ограничение на MySQL Workbench. Не можете да отваряте 2 модела едновременно в един екземпляр на MySQL Workbench. На някои платформи (като Windows) обаче можете да отворите няколко екземпляра (само внимавайте, когато променяте настройките, връзките и т.н., тъй като те се споделят между всички екземпляри, последното запазване печели).
В Windows може да се наложи първо да активирате няколко екземпляра, като промените настройката под Edit > Preferences > Others (tab) :
