mysql брои колко пъти едно поле се свързва с друго

select ref, count(distinct id) from table group by ref;

Това ще ви даде брой различни id по реф.

select ref, count(*) from table group by ref;

Това ще ви даде брой записи по реф.

РЕДАКТИРАНЕ:

Опитайте това, за да получите резултата, който желаете.

select t.*, m.counter
from table t 
join (
   select ref, count(distinct id) as counter
   from table group by ref
) m on t.ref = m.ref

Пример за SQLFiddle:http://sqlfiddle.com/#!9/2b93c/2